Države članice EU morajo po 17. členu Direktive o habitatih vsakih šest let pripraviti poročilo o izvajanju ukrepov po tej direktivi. Poročilo vključuje predvsem informacije o ohranitvenih ukrepih iz prvega odstavka 6. člena direktive, vrednotenje vplivov teh ukrepov na stanje ohranjenosti naravnih habitatnih tipov iz priloge I in vrst iz prilog II, IV in V, ter glavne rezultate spremljanja stanja iz 11. člena. Največji del poročila obsegajo ocene kazalcev stanja ohranjenosti vrst in habitatnih tipov s prilog Direktive na območju celotne države. Poročilo je potrebno oddati Evropski komisiji (DG Environment), ki pri izvedbi poročanja in pripravi zbirnega poročila sodeluje z Evropsko okoljsko agencijo (EEA) in Evropskim tematskim centrom za biodiverziteto (ETC/BD).
V Sloveniji je za poročanje odgovorno Ministrstvo za okolje in prostor, koordinator poročanja za vrste in habitatne tipe pa je Zavod RS za varstvo narave. Poročati je treba o 204 vrstah in 60 habitatnih tipih v dveh biogeografskih regijah (alpski in celinski) ter v morski mediteranski regiji.

Poročilo je sestavljeno iz dveh delov: iz splošnega obrazca ter obrazcev za vrste in habitatne tipe. Poročanje poteka v elektronski obliki, poročilo pa je javno dostopno v centralnem podatkovnem repozitoriju na spletni strani EIONET.

Podrobnejše informacije in vse dokumente Evropske komisije o tehničnih in strokovnih vidikih poročanja, vključno s priročnikom z razlago obrazcev in strokovnih pojmov, lahko najdete na referenčnem portalu Evropske okoljske agencije.
 

Evropska komisija na podlagi prejetih poročil držav članic pripravi zbirno evropsko poročilo in povzetke nacionalnih poročil, ki so dostopna na spletni strani Evropske komisije.

Povzetek poročila za obdobje 2004 – 2006
Povzetek poročila za obdobje 2007 – 2012
Povzetek poročila za obdobje 2013 – 2018